• Giai đoạn trước năm 2000, đây là giai đoạn diễn ra một số thay đổi hành chính lớn qua đó tái lập tỉnh Bắc Ninh và một số huyện thị trong tỉnh. Thời điểm đó, tỉnh mới được tái lập nên nhu cầu phát triển kinh tế - xã hội càng trở nên cấp thiết để định hướng phát triển theo hướng công nghiệp hóa hiện đại hóa. Trong đó, sự phát triển giáo dục cũng là nhu cầu tất yếu hòa chung vào sự phát triển đó. Từ thực tế đó, tỉnh nhà cần phải mở thêm trường lớp để đáp ứng nhu cầu học tập của con em địa phương đang tăng lên từng ngày.
• Giai đoạn 2000 – 2005, ngoài số trường đã tồn tại từ thời còn thuộc tỉnh Hà Bắc, UBND tỉnh Bắc Ninh đã cấp phép hoạt động cho hàng chục trường Trung học Phổ thông mới để phục vụ nhu cầu học tập của con em địa phương. Do chính sách khuyến khích xã hội hóa giáo dục của nhà nước nên trong số này đa phần là các trường Trung học Phổ thông dân lập và tư thục.
• Tháng 12 năm 2008, UBND tỉnh Bắc Ninh thực hiện đổi tên đồng loạt 17 trường Trung học Phổ thông nhằm sắp xếp lại tên gọi các trường do việc mở rộng thành phố Bắc Ninh diễn ra vào năm 2007 và để chuẩn hóa theo một số quy định đặt tên trường của Bộ Giáo dục và Đào tạo lúc đó.[1]

| width="20" | 18 |bgcolor="#ffffff" align=left|Trường Trung Học Phổ thông Lý Thái Tổ||align=left|Trường Trung học Phổ thông Lý Thái Tổ|}

• Giai đoạn 2010 – 2011, UBND tỉnh cũng đã hoàn tất việc chuyển đổi từ trường Trung học Phổ thông Dân lập sang Tư thục đối với 11/11 trường Trung học Phổ thông Dân lập trên địa bàn tỉnh. Việc chuyển đổi trường Trung học Phổ thông Dân lập sang Tư thục nhằm tăng cường tính tự chủ, tự chịu trách nhiệm đối với các tổ chức, cá nhân trong các hoạt động giáo dục, tạo sự cạnh tranh lành mạnh giữa các cơ sở giáo dục ngoài công lập, đáp ứng nhu cầu nguyện vọng của người học.[2]
• Tháng 7 năm 2012, sau nhiều năm học vất vả vì thiếu thí sinh đầu vào nên Trường Trung học Phổ thông Bắc Ninh có trụ sở ở khu 5, phường Đại Phúc, thành phố Bắc Ninh đã tuyên bố ngừng tuyển sinh, số học sinh còn lại đang theo học tại trường được bàn giao cho Trường Trung học Phổ thông Nguyễn Du ở phường Võ Cường gần đó.[3]